机构设置
教学机构
党政管理机构（含群团）
医疗机构
科研机构
- 出土医学文献文物保护研究数字重点实验室
- 西南特色中药资源国家重点实验室
- 中国出土医学文献与文物研究院
- 中医药创新研究院/交叉学科研究院
- 中医药健康产业技术研究院
- 博物馆/中医药文化中心/古籍文献研究室
- 四川省中华医药文化学院
- 中医证候与精准医学研究中心
- 刘敏如女科传承创新研究院
- 健康政策与药事运营管理研究中心
- 针灸临床研究中心/穴位敏化研究中心
- 道地药材多维评价与整合分析研究中心
- 中医智库研究中心
- 针灸脑科学研究中心
- 民族医药文化传承与创新研究中心
- 中医急症暨疑难病传承创新研究中心
- 中医药防治糖尿病临床研究中心
- 经典名方传承与转化研究中心
- 肿瘤病证方药研究所
- 中医脑病药物整合转化研究所
- 中药新药发现与评价研究所
- 针灸与内稳态调节研究所
- 藏羌彝特色民族药创新研究所
- 印度传统医药研究所